Az 1848 áprilisában hivatalba lépő első felelős magyar kormány még alig tette meg kezdeti lépéseit, amikor májusban a katonai határőrvidék szerb ezredei és lakói nyíltan szembefordultak a kormánnyal. A délvidéki események, és ezzel párhuzamosan a magyar-horvát ellentétek kiéleződése olyan katonai intézkedések megtételét tette szükségessé, amelyek képesek lehettek gátat vetni a kibontakozó polgárháborúnak. Ennek keretében május-június-július hónapban fokozatosan Bácska-Bánságba és a horvátországi határszélre vezényelték a császári- királyi (a továbbiakban cs. kir.) haderő Magyarországon állomásozó csapatainak nagy részét, amelyek különben az áprilisi törvények értelmében és a május 7-i királyi leirat alapján az önálló magyar hadügyminisztérium hatáskörébe kerültek. E csapatok megbízhatósága és használhatósága azonban – annak ellenére, hogy jelentős részüket magyarországi és erdélyi sorozású alakulatok alkották – korántsem volt egyértelmű. A cs. kir. hadsereg ugyanis köztudottan a birodalom egyik legfőbb összetartó tényezője volt, és az általa képviselt összbirodalmi szemlélet szöges ellentétben állt mindenfajta szeparatizmussal, így Magyarországnak az áprilisi törvényekben nyert belső önállóságával, mi több, az addig egységes hadsereg két – birodalmi és magyarországi – részre szakadásával. A tisztek – és a katonák – nagy részére az uralkodóház iránti lojalitás volt jellemző, a forradalom és a nemzeti eszme hatása a hadseregben nagyobb arányokban csak később, 1848 őszén jelentkezett. A Galíciában állomásozó 6. Würtemberg magyar huszárezred egyik százada (a Lenkey-század) a „haza hívó szavára” 1848 májusában tisztjeivel együtt engedelem nélkül hazatért ugyan (diplomáciai bonyodalmak sorát idézve elő az osztrák és a magyar hadügyminisztérium között), ám ettől az elszigetelt esettől eltekintve 1848 tavaszán és nyarán a cs. kir. hadsereg 9magyar vagy magyarországi sorozású ezredeinél a hagyományos fegyelem, az elöljárók és a trón iránti vak engedelmesség még korlátlan úr volt. A Batthyány-kormány május 21-i felhívása új perspektívát nyitott meg a cs. kir. hadsereg aktív és volt tisztjei előtt. Az ajánlat elfogadása az egyéni képességek kibontakoztatásának, a karriernek a lehetőségét is ígérte a pályázók nagy többsége számára. Ez a magyarázata annak, hogy bár a felhívás kimondottan az országban állomásozó csapatok tisztjeihez szólt, a galíciai Zolkiewtől az olaszországi Mantuáig, a dalmáciai Spalatótól a csehországi Theresienstadtig, a birodalom minden zugából, ahol csak magyar tisztek szolgáltak, tömegesen érkeztek be az átlépési kérvények. Az első honvédtisztek kinevezését tudtul adó rendelet a Közlöny június 15-i (7.) számában jelent meg. Szeptember végéig – az uralkodó jóváhagyásával – már huszonnégy törzs- és mintegy háromszázhatvan főtisztet neveztek ki a honvédséghez. Ez a közel négyszáz fő jelentette az első tizennégy honvédzászlóalj és az első honvédüteg tisztikarát, valamint azt a néhány tisztet, akik a hadügyminisztérium személyzetének egy részét és a honvédtáborkar (vezérkar) első kis csoportját alkották. E tisztek 80%-a előzőleg aktív – kisebb részben nyugalmazott vagy kilépett – cs. kir. tiszt, illetve hadapród volt. A későbbi események bebizonyították, hogy az említett időszakban kinevezett honvédtisztek kiválasztása a több mint ezer jelentkező közül sikeres volt. A válságperiódusok idején csak töredékük hagyta cserben a szabadságharc ügyét, százötvenen viszont a későbbiek folyamán törzstiszti rangra emelkedtek. A fenti időszakban százhatvan nemzetőrségi törzstiszt kinevezésére is sor került. Közülük tíz fő nem fogadta el kinevezését, további tizenhárom fő pedig hosszabb-rövidebb szolgálat után, de még a korszakhatárt jelentő szeptember vége előtt lemondott rangjáról.
A nemzetőrség intézménye a márciusi forradalom egyik vívmánya volt. Spontán alakulása már a forradalom első napjaiban megkezdődött. Hivatalos szervezése az 1848. XXII. tc. alapján áprilistól került sor. A szolgálati kötelezettség a törvényben előírt cenzus (vagyon, ill. jövedelem), valamint a húsz és ötven év közötti életkor alapján mintegy 350-380 000 főre terjedt ki. A délvidéki események és a horvátországi fejlemények hatására 1848 júliusában sor került a megyék egy része nemzetőrségének mozgósítására, táborba szállására 1848 július-augusztusában az elsőként szervezett tíz honvédzászlóalj is a harctérre került. A 2. és a 7. a drávai seregbe nyert beosztást, míg a többi a dél-magyarországi harcokban vett részt, ahol az állandó összecsapások e zászlóaljak legénységét és tisztikarát megedzették, úgyhogy később, a szabadságharc folyamán a cs. kir. hadseregtől átjött soralakulatok mellett ezek lettek a honvédsereg legjobb egységei. Jellačić szeptemberi támadásakor a magyarországi cs. kir. csapatok parancsnokai és tisztjei nehéz döntési helyzetbe kerültek. Míg egyrészről a magyar alkotmányra és az ország védelmére tett eskü, valamint a tisztikar magyar részének többségében élő hazafias öntudat indokolttá tette, hogy a fegyveres inváziót fegyveres kézzel verjék viszsza, másrészről az a furcsa helyzet, hogy tulajdonképpen a cs. kir. hadsereg két része került szembe egymással, a tiszteket habozásra, kiút keresésre késztette. Az eredmény ismeretes: 1848. szeptember 29-én a drávai magyar sereg Pákozdnál ütközetet vívott, amely Jellačić visszavonulásával végződött.
A Jellačić támadása idején gyorsan pergő események (a szeptember 22-i királyi manifesztumok, Lamberg altábornagynak Magyarország 18katonai főparancsnokává történt kinevezése, az október 3-i királyi kiáltvány és válaszként a magyar országgyűlés határozatai) nyílt szakítást eredményeztek Bécs és Pest között.30 A horvát támadás, majd annak kitudódása, hogy a bán az udvar és az osztrák hadügyi szervek támogatásával cselekedett, a Batthyany- kormány, illetve a szeptember 16-án megalakult, s később az utóbbi örökébe lépő Országos Honvédelmi Bizottmány (a továbbiakban OHB) hadügyi intézkedéseinek sorát indította el. 1848 októberéig nem beszélhetünk egységes honvédségről. A Batthyány-kormány időszakában a rendelkezésre álló haderő különböző eredetű, szervezetű és értékű csapatokból állt, amelynek csak egy kis részét alkották az első honvédzászlóaljak. December közepéig ezekből egy egységes hadsereg, a honvédség felállítására került sor. A honvédsereg következő három forrásból jött létre: a cs. kir. hadsereg csatlakozott alakulataiból, a már meglévő honvédzászlóaljakból, a szeptember végén megindult sorozás eredményeként létrejött alakulatokból, végül a nemzetőrség valamint a szabadcsapatok egy részéből.
Az októberi fordulatot követően a kormány és a hadügyminiszter, immár a bécsi hadügyminisztérium megkerülésével, utasította az ország határain kívül állomásozó magyar cs. kir. alakulatokat a hazatérésre. Ennek eredményeként, valamint a hozzátartozókkal érkező levelek hatására a galíciai, csehországi és ausztriai helyőrségek magyar ezredeinél általánossá vált a dezertálás. A 6. huszárezred (Lenkey százada) még májusban hazatért századát nem számítva, október és november folyamán például tizenöt huszárszázad jött haza, gyakran súlyos veszteségekkel járó harcok árán. Jellačić veresége és menekülése az ellenforradalom első támadásának vereségét jelentette, az október 6-án kitört bécsi forradalom pedig megakadályozta az udvart abban, hogy az ausztriai cs. kir. csapatok azonnali bevetésével felújítsa a támadást. Ez a közel két és fél hónapi – 1848 októberétől december közepéig tartó – időszak életbevágóan szükséges volt az ország fegyveres védelmének megszervezésére. A király szeptember 9-én ígéretet tett ugyan az előterjesztett törvényjavaslat (kétszázezres haderő felállítására) megvizsgálására, Jellačić szeptember 11-én megindult támadása azonban azonnali cselekvést igényelt. Így az országgyűlés a szentesítés bevárása nélkül határozatban mondta ki az újoncozás. Az ország védelmére kiállított honvédhaderő 1848 december közepén tehát mintegy nyolcvanöt-kilencvenezer gyalogosból, nyolcezer-nyolcezer-ötszáz lovasból, négyezer-ötszáz-ötezer tüzérből, azaz kb. száz-száztízezer emberből állt. A szabadcsapatok szervezése szintén a szeptemberi válság idején kezdődött el. Elsőként augusztus végén Szalay László államtitkár kapott megbízást a Hunyadi szabadcsapat, majd szeptember 16-án Perczel Mór a Zrínyi csapat felállítására. Ezek az egységek ritkán alakultak át reguláris honvédcsapatokká, de azért erre is akad – éppen az említetteket érintő – példa. A Zrínyi csapat rövid egy hónap múlva a 35. honvédzászlóaljjá alakult át, november folyamán pedig a Hunyadi csapatból nőtt ki az 50. honvédzászlóalj és az 1. honvéd-, későbbi besorolás szerint a 13. Hunyadi huszárezred. A magyar tisztek aránya az említett alakulatoknál 12 és 30% között mozgott. Magyar nemzetiségű tisztek kilépésével 1848 nyarán úgyszólván alig találkozunk, de ősszel is csak kevesen távoztak közülük a magyar hadügyminisztérium alá rendelt alakulatokból. Annál nagyobb volt azonban a nem magyar (nem magyarországi születésű) tisztek távozásának mértéke. A honvédcsapatok szervezésével párhuzamosan gondoskodni kellett a parancsnoki posztok betöltéséről.
Az új törzstiszteknek mintegy fele 1848 tavaszán még főhadnagyként szolgált a császári hadseregben, és csak a nyári délvidéki hadjárat során lett százados, tehát rövid fél év alatt két rendfokozatot is ugrott. Többségük nagy szorgalommal és hozzáértéssel látott hozzá alakulata szervezéséhez, kiképzéséhez. Az önálló parancsnoki hatáskör – amelyet a császári hadseregben gyakran két évtizedes szolgálat után sem tudtak elérni – felszínre hozta azokat a rejtett képességeket és energiákat, amelyek egy forradalmi hadsereg szervezésénél szinte nélkülözhetetlenek. Változások történtek a felsőbb parancsnoki karban is. 1848 szeptember végén a magyar haderőt tulajdonképpen két hadtest és néhány vár őrsége alkotta. A hadtestparancsnokok és a dandárnokok többsége cs. kir. tiszt volt, akik szeptember-október folyamán sorra benyújtották lemondásukat. A délvidéki sereg vezetését ideiglenesen Mészáros Lázár vette át, október első felében pedig az itt lévő csapatokat két részre osztották. Együttes létszámuk huszonhat-huszonnyolcezer főt tett ki, melyből mintegy hét-nyolc ezer mozgósított nemzetőr volt.80 A bácskai hadtest hadosztályparancsnokai gr. Esterházy Sándor, Lenkey János és Szabó Zsigmond, a bánságié Vetter Antal és Damjanich János lettek. (Damjanich János neve ekkor vált néhány kisebb győzelme és a strázsái [lagerdorfi] tábor elfoglalása révén országszerte ismertté.) A magyarországi és erdélyi várak közül Komáromnak, Eszéknek, Péterváradnak, valamint Temesvárnak volt a korban hadászati jelentősége. Az első három magyar kézre került. Komárom várparancsnoka br. Majthényi István, Eszéké Friedrich Eder, Péterváradé pedig ideiglenesen br. Blagoevich Imre altábornagy lett, de Temesvár erődje a szabadságharc egész ideje alatt az osztrákoké maradt. A kisebb várak közül Lipótvárat és Munkácsot sikerült a magyar ügy mellé állítani (ezek parancsnoka Ordódy Kálmán, illetve Mezősy Pál őrnagy lett), míg Aradot és Dévát csak 1849 nyarán sikerült a honvédcsapatoknak elfoglalniuk. Gyulafehérvár – Temesvárhoz hasonlóan – végig a császári csapatok kezén maradt.
A császári csapatok általános támadását 1848 november elején az erdélyi osztrák hadtest támadása vezette be, amely hamarosan Erdély elvesztéséhez vezetett. Ebben kétségkívül szerepet játszott az a tény, hogy a honvédelem szervezése Erdélyben túl későn indult meg.
1848 december közepén kezdetét vette a császári csapatok általános támadása Magyarország ellen. A mintegy száznegyvenezer fővel és kétszázötven löveggel több irányból, nagyjából egy időben intézett támadás hadműveleti célja az ország fővárosának elfoglalása volt. A kitűzött célokat a császári csapatok csak részben tudták megvalósítani. A Délvidék nagyobb része 1849 január végéig – az itteni magyar csapatoknak a Közép-Tisza vonalához rendeléséig – magyar kézen maradt. Az újjászervezett és megerősített erdélyi magyar hadtest, élén új parancsnokával, Bem tábornokkal, pedig nemcsak meggátolta az császári csapatok kijutását az Alföldre, hanem ellentámadásba ment át és rövid idő alatt jelentősen visszaszorította az ellenséget. E sikerek azonban csak részben ellensúlyozták a főhadszíntéren bekövetkezett újabb eseményeket. Így Windisch-Grätz csapatai 1849. január 5-én kardcsapás nélkül vonulhattak be Pest-Budára.
A katonai helyzet kedvezőtlen alakulása, a császári csapatok sikeres előnyomulása és győzelmei, de mindenekelőtt a főváros eleste a honvédsereg tisztikarában is éreztette a hatását. A honvédtisztek kilépése a legnagyobb mérvű a bácskai és a bánsági hadtestnél, valamint a Feldunai hadseregnél volt. A bácskai hadtest parancsnoka br. Bakonyi Sándor tábornok, még közvetlenül a császári támadás megindulása előtt, december 13-án „megbetegedett”, a helyettesévé kinevezett Esterházy Sándor gróf pedig kijelentette, hogy a szerb felkelők ellen igen, viszont a reguláris császári csapatok ellen nem hajlandó harcolni. Hasonlóan nyilatkozott hadtestének számos törzstisztje, a cs. kir. 5. tüzérezredtől átjött tisztek pedig egyenesen kijelentették, hogy mivel a szerb felkelők is a császár katonái, nem fognak rájuk lövetni. Kossuth a helyzet tisztázására Nádossy Sándor ezredest küldte Bácskába, aki azonban Esterházy társául szegődött, és csak néhány tiszt – mindenekelőtt gr. Vécsey Károly és Lenkey János ezredesek, valamint Baudisz József százados –fellépésének volt köszönhető, hogy az ellenség előtt álló hadtest nem került súlyos helyzetbe.
1848 december közepétől 1849 január első harmadáig hét tábornok és ötvenhat törzstiszt, valamint közel negyven nemzetőrségi törzstiszt, vagyis a honvédsereg és a nemzetőrség akkori parancsnoki karának közel egyharmad része távozott! A zászlót elhagyó törzstisztek és tábornokok a szabadságharcot közvetlenül megelőzően szinte kivétel nélkül cs. kir. tisztek voltak. Közöttük két csoportot különböztethetünk meg. Az elsőbe – ez volt a kisebb csoport – azokat sorolhatjuk, akik csak a magyar alkotmányra tett esküjük alapján, vagy csupán egzisztenciális okokból, de különösebb meggyőződés, hazafias öntudat nélkül vállalták a szolgálatot, vagy akik úgyszólván az eseményekkel sodródva kerültek a honvédségbe. Ezek a tisztek 1848/49. fordulóján a kilátástalannak látszó katonai helyzet következtében léptek ki, de minden különösebb lelkiismereti válság nélkül. A kilépők másik, népesebb csoportja viszont olyanokból állt, akik a cs. kir. hadseregben eltöltött hosszú szolgálati idő során vérükké vált fegyelem, a Habsburg uralkodóház tisztelete és az alkotmányra, az ország megvédésére tett eskü, az önvédelmi harc jogosságának tudata között őrlődtek. Számukra ez a konfliktus 1848 decemberében éleződött ki, amikor ténylegesen is kerültek a császári hadsereggel szembe. Dönteniük kellett, s döntésükhöz a végső lökést a válságosra fordult hadihelyzet adta meg. A főváros feladása után sokan közülük nem vállalták a harc folytatását és kiléptek, gyakran még akkor is, ha, mint említettük, meg voltak győződve a harc igazáról. Az idősebb, korábban aktív császári tiszteknél csak ritkán – például Aulich Lajos, Kiss Ernő, Répásy Mihály, Schweidel József, Mészáros Lázár esetében – kerekedett felül korábbi előéletükön, neveltetésükön az ügy igazságába vetett hit.
Feltöltés alatt