A Jellačić támadása idején gyorsan pergő események (a szeptember 22-i királyi manifesztumok, Lamberg altábornagynak Magyarország 18katonai főparancsnokává történt kinevezése, az október 3-i királyi kiáltvány és válaszként a magyar országgyűlés határozatai) nyílt szakítást eredményeztek Bécs és Pest között.30   A horvát támadás, majd annak kitudódása, hogy a bán az udvar és az osztrák hadügyi szervek támogatásával cselekedett, a Batthyany- kormány, illetve a szeptember 16-án megalakult, s később az utóbbi örökébe lépő Országos Honvédelmi Bizottmány (a továbbiakban OHB) hadügyi intézkedéseinek sorát indította el.   1848 októberéig nem beszélhetünk egységes honvédségről. A Batthyány-kormány időszakában a rendelkezésre álló haderő különböző eredetű, szervezetű és értékű csapatokból állt, amelynek csak egy kis részét alkották az első honvédzászlóaljak. December közepéig ezekből egy egységes hadsereg, a honvédség felállítására került sor. A honvédsereg következő három forrásból jött létre: a cs. kir. hadsereg csatlakozott alakulataiból, a már meglévő honvédzászlóaljakból, a szeptember végén megindult sorozás eredményeként létrejött alakulatokból, végül a nemzetőrség valamint a szabadcsapatok egy részéből.

Az októberi fordulatot követően a kormány és a hadügyminiszter, immár a bécsi hadügyminisztérium megkerülésével, utasította az ország határain kívül állomásozó magyar cs. kir. alakulatokat a hazatérésre. Ennek eredményeként, valamint a hozzátartozókkal érkező levelek hatására a galíciai, csehországi és ausztriai helyőrségek magyar ezredeinél általánossá vált a dezertálás. A 6. huszárezred (Lenkey százada) még májusban hazatért századát nem számítva, október és november folyamán például tizenöt huszárszázad jött haza, gyakran súlyos veszteségekkel járó harcok árán. Jellačić veresége és menekülése az ellenforradalom első támadásának vereségét jelentette, az október 6-án kitört bécsi forradalom pedig megakadályozta az udvart abban, hogy az ausztriai cs. kir. csapatok azonnali bevetésével felújítsa a támadást. Ez a közel két és fél hónapi – 1848 októberétől december közepéig tartó – időszak életbevágóan szükséges volt az ország fegyveres védelmének megszervezésére. A király szeptember 9-én ígéretet tett ugyan az előterjesztett törvényjavaslat (kétszázezres haderő felállítására) megvizsgálására, Jellačić szeptember 11-én megindult támadása azonban azonnali cselekvést igényelt. Így az országgyűlés a szentesítés bevárása nélkül határozatban mondta ki az újoncozás.   Az ország védelmére kiállított honvédhaderő 1848 december közepén tehát mintegy nyolcvanöt-kilencvenezer gyalogosból, nyolcezer-nyolcezer-ötszáz lovasból, négyezer-ötszáz-ötezer tüzérből, azaz kb. száz-száztízezer emberből állt.   A szabadcsapatok szervezése szintén a szeptemberi válság idején kezdődött el. Elsőként augusztus végén Szalay László államtitkár kapott megbízást a Hunyadi szabadcsapat, majd szeptember 16-án Perczel Mór a Zrínyi csapat felállítására.   Ezek az egységek ritkán alakultak át reguláris honvédcsapatokká, de azért erre is akad – éppen az említetteket érintő – példa. A Zrínyi csapat rövid egy hónap múlva a 35. honvédzászlóaljjá alakult át, november folyamán pedig a Hunyadi csapatból nőtt ki az 50. honvédzászlóalj és az 1. honvéd-, későbbi besorolás szerint a 13. Hunyadi huszárezred. A magyar tisztek aránya az említett alakulatoknál 12 és 30% között mozgott. Magyar nemzetiségű tisztek kilépésével 1848 nyarán úgyszólván alig találkozunk, de ősszel is csak kevesen távoztak közülük a magyar hadügyminisztérium alá rendelt alakulatokból. Annál nagyobb volt azonban a nem magyar (nem magyarországi születésű) tisztek távozásának mértéke.   A honvédcsapatok szervezésével párhuzamosan gondoskodni kellett a parancsnoki posztok betöltéséről. 

Az új törzstiszteknek mintegy fele 1848 tavaszán még főhadnagyként szolgált a császári hadseregben, és csak a nyári délvidéki hadjárat során lett százados, tehát rövid fél év alatt két rendfokozatot is ugrott. Többségük nagy szorgalommal és hozzáértéssel látott hozzá alakulata szervezéséhez, kiképzéséhez. Az önálló parancsnoki hatáskör – amelyet a császári hadseregben gyakran két évtizedes szolgálat után sem tudtak elérni – felszínre hozta azokat a rejtett képességeket és energiákat, amelyek egy forradalmi hadsereg szervezésénél szinte nélkülözhetetlenek. Változások történtek a felsőbb parancsnoki karban is. 1848 szeptember végén a magyar haderőt tulajdonképpen két hadtest és néhány vár őrsége alkotta. A hadtestparancsnokok és a dandárnokok többsége cs. kir. tiszt volt, akik szeptember-október folyamán sorra benyújtották lemondásukat. A délvidéki sereg vezetését ideiglenesen Mészáros Lázár vette át, október első felében pedig az itt lévő csapatokat két részre osztották. Együttes létszámuk huszonhat-huszonnyolcezer főt tett ki, melyből mintegy hét-nyolc ezer mozgósított nemzetőr volt.80 A bácskai hadtest hadosztályparancsnokai gr. Esterházy Sándor, Lenkey János és Szabó Zsigmond, a bánságié Vetter Antal és Damjanich János lettek. (Damjanich János neve ekkor vált néhány kisebb győzelme és a strázsái [lagerdorfi] tábor elfoglalása révén országszerte ismertté.)   A magyarországi és erdélyi várak közül Komáromnak, Eszéknek, Péterváradnak, valamint Temesvárnak volt a korban hadászati jelentősége. Az első három magyar kézre került. Komárom várparancsnoka br. Majthényi István, Eszéké Friedrich Eder, Péterváradé pedig ideiglenesen br. Blagoevich Imre altábornagy lett, de Temesvár erődje a szabadságharc egész ideje alatt az osztrákoké maradt. A kisebb várak közül Lipótvárat és Munkácsot sikerült a magyar ügy mellé állítani (ezek parancsnoka Ordódy Kálmán, illetve Mezősy Pál őrnagy lett), míg Aradot és Dévát csak 1849 nyarán sikerült a honvédcsapatoknak elfoglalniuk. Gyulafehérvár – Temesvárhoz hasonlóan – végig a császári csapatok kezén maradt.